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DNA序列比對(duì)——Blast，序列比對(duì)界中的先鋒！

發(fā)布時(shí)間： 2021-08-23　　點(diǎn)擊次數(shù)： 7035次

NCBI 中的 Blast 被譽(yù)為序列比對(duì)界中的先鋒，并非浪得虛名的，它多才多藝（功能多樣），博學(xué)多識(shí)（比對(duì)面面俱到），還廣交天下名人雅士（可獲得各大數(shù)據(jù)庫(kù)的信息）。今天，小編讓大家見(jiàn)識(shí)一下老大的風(fēng)采。
首先，登陸 blast 主頁(yè)blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Blast導(dǎo)航主頁(yè)面主體包括三部分 BLAST Assembled Genomes、Basic BLAST和Specialized BLAST。
BLAST Assembled Genomes：就是讓你選擇你要對(duì)比的物種，點(diǎn)擊物種之后即可進(jìn)入對(duì)比頁(yè)面。
Basic BLAST 包含 5 個(gè)常用的 Blast：
1.BLASTP 是蛋白序列到蛋白庫(kù)中的一種查詢(xún)。
2.BLASTX 是核酸序列到蛋白庫(kù)中的一種查詢(xún)。
3.BLASTN 是核酸序列到核酸庫(kù)中的一種查詢(xún)。
4.TBLASTN 是蛋白序列到核酸庫(kù)中的一種查詢(xún)。與 BLASTX 相反，它是將庫(kù)中的核酸序列翻譯成蛋白序列，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對(duì)。
5.TBLASTX 是核酸序列到核酸庫(kù)中的一種查詢(xún)。此種查詢(xún)將庫(kù)中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會(huì)產(chǎn)生6 條可能的蛋白序列）。
Specialized BLAST：是一些特殊目的的 Blast，如 Primer-BLAST、IgBLAST。

假設(shè)以下為一未知蛋白序列，我們通過(guò) blast 搜索來(lái)獲取一些這個(gè)序列的信息。
點(diǎn)擊選擇“BLASTP"，粘貼序列到規(guī)定地方。

點(diǎn)擊“Algorithm paramerters"設(shè)置詳細(xì)參數(shù)：

點(diǎn)擊運(yùn)行后，結(jié)果如下圖，請(qǐng)注意數(shù)據(jù)庫(kù)的名字和說(shuō)明，如果不合適，請(qǐng)迷途知返哦~

Blast 的結(jié)果顯示圖：顏色比例尺，可以簡(jiǎn)單的理解為紅色的線(xiàn)表示有較好的比對(duì)結(jié)果。

Blast 結(jié)果的描述區(qū)域, Max Score：匹配片段越長(zhǎng)、相似性越高則 Score 值越大。
E value 是得到上述 Score 值的概率的大小。E 值越小表示隨機(jī)情況下得到該 Score 值的可能性越低。

Blast 比對(duì)結(jié)果的詳細(xì)版:Expect(E 值)、Identities（一致性）、Gaps（缺失或插入）三項(xiàng)是評(píng)價(jià)blast 結(jié)果的標(biāo)準(zhǔn)。E 值接近零或者為零時(shí)，具體上就是*匹配了。一致性：匹配上的堿基數(shù)占總序列長(zhǎng)的百分?jǐn)?shù)。

有料，但不難理解
有用，但不難操作
這就是 blast 的魅力所在

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