-
如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對(duì)
發(fā)布時(shí)間： 2021-08-23 點(diǎn)擊次數(shù)： 7828次當(dāng)我們將未知菌株送到公司測(cè)序時(shí)，并不意味著公司會(huì)直接告訴我們未知菌株是什么種什么屬的，他們只會(huì)給你未知菌株的測(cè)序序列，這時(shí)候就需要我們自己在 NCBI 上進(jìn)行同源性比對(duì)。
下面結(jié)合實(shí)驗(yàn)經(jīng)歷跟大家交流一下。 首先，我們先來(lái)弄清楚幾個(gè)概念：
Query：數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列
alignments： 比對(duì)上的兩個(gè)序列
hits：兩個(gè)序列比對(duì)上的片段
Score：比對(duì)得分，如果序列匹配上得分，不一樣，減分，分值越高，兩個(gè)序列相似性越高
E Value：相對(duì)的一個(gè)統(tǒng)計(jì)值，值越小，越可信
Length：輸入序列的長(zhǎng)度
Identities：一致性，就是兩個(gè)序列有多少是一樣的
Accession：登錄號(hào)
NCBI 網(wǎng)站：blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
操作步驟
1、打開(kāi)上述網(wǎng)站，出現(xiàn)圖 1 頁(yè)面，
圖1
點(diǎn)擊
，進(jìn)入圖 2 頁(yè)面，
圖2
2、在圖 2 界面的
輸入序列， 這里以JF439461//CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGAT CATTACCGAGTGCGGGTCCTTTGGGCCCAACCTCCCATCCGTGTCTATTGTACCCTGTTGCTTCGGCGGGCCC GCCGCTTGTCGGCCGCCGGGGGGGCGCCTCTGCCCCCCGGGCCCGTGCCCGCCGGAGACCCCAACACGA ACACTGTCTGAAAGCGTGCAGTCTGAGTTGATTGAATGCAATCAGTTAAAACTTTCAACAATGGATCTCTTG GTTCCGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAACTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGA GTCTTTGAACGCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTGCTGCCCTCAA GCCCGGCTTGTGTGTTGGGTCGCCGTCCCCCTCTCCGGGGGGACGGGCCCGAAAGGCAGCGGCGGCACC GCGTCCGATCCTCGAGCGTATGGGGCTTTGTCACATGCTCTGTAGGATTGGCCGGCGCCTGCCGACGTTTTC CAACCATTCTTTCCAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGA GGA為例。
選中頁(yè)面下的
然后點(diǎn)擊 BLAST。出現(xiàn)圖 3 和圖 4 的頁(yè)面（圖 3 和 4 是同一頁(yè)面的上下兩部分）。
圖3
圖4
3、在圖 3 頁(yè)面上
表示你可以調(diào)整參數(shù)，重新比對(duì)或者保存搜索條件以便下次比對(duì)，調(diào)整報(bào)告顯示的參數(shù)，以更符合你的要求、下載你比對(duì)的結(jié)果。
表示比對(duì)的標(biāo)題，優(yōu)先是 你填寫(xiě)的，如果沒(méi)有填寫(xiě)可能是你輸入 fasta 序列頭（大于號(hào)后面的），如果這個(gè)也沒(méi)有找到， NCBI 會(huì)自動(dòng)生成一個(gè)。
表示你輸入序列的信息，包括標(biāo)識(shí)號(hào)、描述信息、類(lèi)型、長(zhǎng)度。
表示你可以查看其他報(bào)告，比如摘要、分類(lèi)、距離樹(shù)等。
4、在圖 4 的頁(yè)面上 Ident 越高，表明序列的同源性也就越高。通過(guò)同源性較高的描述你可以初步判斷未知菌株的類(lèi)別。點(diǎn)擊同源性較高的，比如我們點(diǎn)開(kāi)第一個(gè)，出現(xiàn)圖 5 的頁(yè)面，將滾動(dòng)條向下拉至圖 6，得到比對(duì)同源性高的序列，將其登錄號(hào)以及序列保存在文本文檔中， 通過(guò)系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)我們能具體判別未知菌株屬于哪種菌株。
圖5
圖6
-
血清系列
-
細(xì)胞轉(zhuǎn)染
-
支原體清除
-
細(xì)胞凍存
-
實(shí)驗(yàn)耗材
-
分子試劑
-
細(xì)胞增殖與凋亡
-
Biozellen系列
-
培養(yǎng)基
-
ELISA試劑盒
-
TOYOBO（東洋紡）
-
ZYMO RESEARCH
-
Greiner（格瑞納）
-
IKA（艾卡）
-
化學(xué)發(fā)光底物（ECL）
-
PROSPEC系列
-
Epigentek系列
-
微生物檢測(cè)
-
細(xì)胞生物學(xué)
-
Corning康寧
-
解離試劑
-
細(xì)胞類(lèi)-實(shí)驗(yàn)耗材
-
原代細(xì)胞
-
植物檢測(cè)系列試劑盒
-
SERANA
-
細(xì)胞系
-
生化試劑盒
-
環(huán)境檢測(cè)系列試劑盒（AKEN）
-
類(lèi)器官培養(yǎng)
-
緩沖器和解決方案
-
生物三凝膠基質(zhì)
-
細(xì)胞因子分子
-
生物樣本庫(kù)
-
蛋白研究系列
-
修飾檢測(cè)試劑盒
